Герой, прославившийся более двадцати лет назад в игре Bionic Commando образца 1988 года, возвращается! Судьба безжалостно обошлась с Натаном Спенсером. Одержав тяжелую победу над врагами своего государства, он оказался не нужен собственному правительству. Более того, власти увидели в Натане угрозу и решили избавиться от него — воина обвинили в преступлениях, которых он не совершал, и приговорили к смерти.

Когда нацисты проходят по странам Европы, а Гитлер вынашивает планы мирового господства, когда британские войска терпят сокрушительные поражения, защищать честь страны поручена элитному отряду морской пехоты Ее Величества. В условиях тотальной войны они готовы к любому, даже самому опасному заданию.

Действие игры происходит во время Клонических Войн начатых в кульминации фильма Звёздные войны. Эпизод II. Атака клонов. В игре, игроку предстоит принять командование спец-группой клонов-коммандос. Эти элитные клоны-солдаты были специально выведены на клонофабриках планеты Камино.